Великая Отечественная война с самого первого дня стала испытанием и проверкой на прочность Северо-Осетинского отделения Государственного аптечного управления СССР.

Приказом от 23 июня были освобождены от работы в связи с призывом на фронт 12 сотрудников, среди них - директора аптек, ассистенты, аналитики, бухгалтеры. В октябре мобилизовали и руководителя аптекоуправления И.В. Шква-ровского. На фронте пропали без вести заведующий магазином № 3 Дзахот Габисов и один из организаторов Аптечной службы Северной Осетии Дзантемир Дигуров.

Всего в ряды Рабоче-крестьянской Красной армии были призваны 67 сотрудников.

Налетами немецкой авиации частично или полностью были разрушены аптеки № 4, № 5, № 36 и № 17. Часть оказалась на временно оккупированной территории, была разграблена захватчиками и прекратила свое существование в Николаевской, Кадгароне, Дарг-Кохе, Дур-Дуре, Фаснале, Ногире. Но задача бесперебойного снабжения населения и госпиталей лекарственными средствами и необходимыми медицинскими материалами была выполнена. В условиях военного времени фармацевты и провизоры работали в мастерских по изготовлению перевязочных материалов, на базе по заготовке лекарственного растительного сырья.